Concelebraron con el Santo Padre 40 cardenales, los miembros del consejo episcopal diocesano, canónigos de la basílica y los miembros del consejo de párrocos prefectos. Al inicio de la celebración, el cardenal Camillo Ruini, vicario general de la diócesis de Roma, manifestó la alegría de la Iglesia de Roma por su nuevo pastor. El Papa se sentó entonces por primera vez en su cátedra, mientras el coro y la asamblea cantaban "A ti, Benedicto, Obispo de Roma: alegría, paz y vida". Posteriormente, un grupo de representantes de la Iglesia romana prestaron "obediencia" al Santo Padre: el cardenal Ruini, en cuanto arcipreste de la basílica de San Juan de Letrán, el arzobispo Luigi Moretti, vicegerente de la diócesis, dos sacerdotes, un diácono permanente y un diácono que se prepara al sacerdocio, un religioso, una religiosa, una laica y un laico y dos jóvenes que han recibido el sacramento de la Confirmación.
Al principio de la homilía, el Papa habló de la Ascensión del Señor, que en muchos lugares se celebraba ese domingo, y dijo que "gracias a que Cristo está ahora con el Padre, está cerca de cada uno, para siempre y le puede tratar de tú, le puede llamar". A pesar de que "podemos vivir dándole la espalda, El nos espera siempre, y está siempre cerca de nosotros".
Benedicto XVI subrayó que Cristo resucitado "necesita testigos que lo hayan encontrado, que lo hayan conocido íntimamente a través de la fuerza del Espíritu Santo. (...) Los sucesores de los Apóstoles, es decir, los obispos, tienen la responsabilidad pública de que la red de estos testimonios continúe en el tiempo. (...) En esta red de testigos, el Sucesor de Pedro tiene una tarea especial".
El Papa "debe ser consciente de que es un hombre frágil y débil", siempre necesitado de "purificación y conversión", pero "también puede ser consciente de que el Señor le da la fuerza para confirmar a sus hermanos en la fe y mantenerlos unidos en la confesión de Cristo crucificado y resucitado".
"El Obispo de Roma -continuó- se sienta su Cátedra para dar testimonio de Cristo. Así, la Cátedra es el símbolo de la "potestas docendi", la potestad de enseñar que es parte esencial del mandato de atar y desatar conferido por el Señor a Pedro, y después de él, a los doce". En este sentido, afirmó que "si la Sagrada Escritura se separa de la voz viva de la Iglesia, cae presa de las disputas de los expertos".
"Esta potestad de enseñanza asusta a tantos hombres dentro y fuera de la Iglesia. Se preguntan si no amenaza la libertad de conciencia, si no es una presunción contrapuesta a la libertad de pensamiento. No es así. (...) El Papa no es un soberano absoluto, cuyo pensamiento y voluntad son ley. Por el contrario, el ministerio del Papa es garantía de la obediencia a Cristo y a su Palabra. No debe proclamar sus propias ideas, sino vincularse constantemente y vincular a la Iglesia a la obediencia a la Palabra de Dios, ante los intentos de adaptarse y aguarse, así como ante todo oportunismo".
Benedicto XVI puso de relieve que esta fue la misión de Juan Pablo II, "cuando ante todos los intentos, aparentemente benévolos, ante las erradas interpretaciones de la libertad, subrayó de manera inequívoca la inviolabilidad del ser humano, la inviolabilidad de la vida humana desde su concepción hasta la muerte natural. La libertad de matar no es una verdadera libertad, sino una tiranía que reduce el ser humano a la esclavitud".
"El Papa es consciente de estar, en sus grandes decisiones, ligado a la gran comunidad de la fe de todos los tiempos, a las interpretaciones vinculantes desarrolladas a través del camino de peregrinación de la Iglesia". Tiene la responsabilidad de que la Palabra de Dios "siga estando presente en su grandeza y siga resonando en su pureza, de modo que no se haga pedazos por los continuos cambios de las modas".
Al final de la homilía, el Santo Padre aseguró a los romanos: "Ahora soy vuestro obispo. ¡Gracias por vuestra simpatía, gracias por vuestra paciencia! En cuanto católicos, todos somos en cualquier modo romanos".
Terminada la misa, el Papa se desplazó en un automóvil descubierto a la basílica de Santa María Mayor para venerar el icono de la Virgen María "Salus Populi Romani", custodiado en la capilla Borghese. Este acto de veneración del nuevo Papa responde a una tradición ininterrumpida de súplica del pueblo de Roma a la Madre de la Salvación.